戦後、「伊予史料集成」が刊行されるようになり、第５巻で『大山積神社関係文書』（昭和５２年）が出されその付録として「二神家文書 」(景浦勉著) が発表されました。これは 「本島二神文書」と 「片山二神文書」について解説を試みた最初のものです。
一方、昭和２９年夏に水産庁の委託事業の一つとして「共同漁業権への依存度に関する調査」の調査地に選ばれた二神島に、当時日本常民文化研究所の所員だった網野善彦氏が訪れ、初めて「本島二神文書」に出会いこの時これを借用しました。昭和４３年に中島町が町誌編纂のため返却を求め返却されましたが一部が未返却となり、以来３０年間が経過し昭和５７年になって借用文書総ての返却となりました（『古文書返却の旅』・網野善彦著）。
しかしその後「本島二神氏宗家」の当主だった故二神司郎氏から改めて「宗家二神氏文書」などの日本常民文化研究所への委託申し出と、その後、帳簿類を含む近世、近代の追加史資料が発見され、これらをあわせての目録取り作業が完了しています（「二神文書の整理・分類作業の進捗状況について」二神系譜研究会速報ＮＯ.36）。